Η Επιτροπή Παρακολούθησης σύμφωνα με τα άρθρο 29 του Νόμος 4914/19.03.2022 (ΦΕΚ 61/Α/21.03.2022) έχει ως αποστολή να παρακολουθεί την εφαρμογή του Προγράμματος καθώς και να εγκρίνει την εξειδίκευση του. Οι αρμοδιότητες και οι ευθύνες της είναι αυτές που περιγράφονται στα άρθρα 38-40 του Κανονισμού 1060/2021.
Η Επιτροπή Παρακολούθησης θεσπίζει τον Εσωτερικό Κανονισμό λειτουργίας της και συνεδριάζει μια φορά ετησίως ή και τακτικότερα.Οι αποφάσεις της Επιτροπής λαμβάνονται με απόλυτη πλειοψηφία  των εχόντων δικαίωμα ψήφου μελών, ενώ αποφάσεις δύναται να λαμβάνονται και μέσω γραπτής διαδικασίας.